一是相关政策与管理不太到位，仓储市场秩序不够规范。一些城市普遍存在仓库未经备案或未经验收就投入运营、仓储企业租赁使用未经验收的仓库或不符合相关建设标准的仓库；各类“农民仓库”（据初步测算，目前在各城市周边的“农民仓库”占到仓库总量的30%左右）、特别是无照经营的“农民仓库”问题更突出，“五证”（建设规划许可证、开工证、土地证、房产证、消防验收证）不全的现象比较普遍；仓库不符合相关建设标准，一些“仓库”拥挤不堪、没有必要的车辆通道与作业场地，有些仓库存在较大安全隐患。

二是仓储资源紧缺、租金持续上涨。由于相关政策落实与管理不到位，一方面存在强令仓储企业搬迁，仓储用地得不到置换，造成仓储设施减少；另一方面存在以仓储（或物流）名义“圈地”现象，一些企业或随意转让仓储用地，或利用仓储用地进行房地产开发，改变仓储用地的用途，虽然每年新增不少仓库，但现阶段我国大城市仓储资源仍然紧缺、导致租金持续上涨。近年来，北京、广州等城市的仓库租金增长幅度较大，平均在20%～30%之间，而上海有的仓库租金更是上涨了近50%。环渤海、长三角、珠三角地区的仓库基本处于满负荷运营，有的城市甚至出现“一库难求”的场面。

三是仓储经营行为不规范、专业人才缺乏。仓储作业、仓储服务等标准在一些企业得不到有效执行，导致企业安全事故频发。多数仓储企业操作人员年龄普遍偏大、技术老化、知识结构落后，一些企业人才培训制度落实不到位，造成仓储管理和操作人员未经培训上岗，不能严格按照制度及标准进行操作，储存商品的安全隐患增大。

四是仓储管理法规与标准不健全。我国已建立一系列有利于仓储业发展的规章制度和标准规范，但随着经济的不断发展和生产力的提高，一些规章制度慢慢不适应现代市场的需求，需要进行更新与修改。例如，《合同法》中对“仓储合同”的规定太笼统、不明确，造成企业在执行中产生争议：“仓储费”一词的规定太过笼统，随着仓储增值服务的发展，已经远远超出了原来“仓储费”的范围；仓储经营企业负有商品入库验收的责任，传统的作法是外观验收，但由于担保存货的特殊性，有时需要对存货的内在质量进行检验，由于缺乏明确的法律依据，责任不清、实际纠纷较多。同时，新的仓储经营业态缺乏相应的法律规定：仓库租赁企业的责任，仓库租赁企业与仓储服务企业之间、自助仓储企业与存货人之间在物品入库、库存管理中的责任，以及担保存货管理企业应当具备的条件、管理方式及各方责任等。由于法规缺失已经造成许多法律纠纷。